La causa dell'incidente sarebbe attribuibile ad un errore in fase di manovra.
Il treno, giunto dal vicino scalo della New Holland, si è attestato al binario 1 della stazione di Jesi con la locomotiva E 652 in testa. A quel punto sono iniziate le manovre per il "salto testa coda" della locomotiva. In pratica, la locomotiva, si sarebbe dovuta portare in coda al treno per poi andare verso Falconara Marittima. Per fare la manovra, la locomotiva, doveva procedere in avanti ed andare sul binario 2, quindi tornare indietro attraverso il binario 2 e portarsi in coda al treno. Affinché la locomotiva potesse portarsi sul binario 2, il deviatoio che collega i due binari, avrebbe dovuto essere posizionato in deviata. Normalmente, infatti, il deviatoio è posto in corretto tracciato verso il tronchino per ragioni di sicurezza (un treno che dovesse avviarsi inavvertitamente finirebbe la sua corsa sul tronchino anziché finire in linea). La macchina si è invece messa in moto con il deviatoio posto in corretto tracciato, quindi è finita sul tronchino, sfondandolo. Non è chiaro se la macchina si sia messa in marcia senza la debita autorizzazione o se l'autorizzazione sia stata data ma senza la verifica della corretta predisposizione degli itinerari. In pratica, non essendo stato formato un corretto itinerario verso il binario 2, il tronchino di sicurezza ha svolto la sua funzione.
Non sono a conoscenza di quali siano i sistemi in uso per le manovre nella stazione di Jesi e, nella fattispecie, non so se l'impianto sia dotato di segnali bassi per la manovra (marmotte).
Al momento dell'incidente sulla zona era in corso una precipitazione che, unita alla oscurità, rendeva difficoltosa la visibilità e allungava gli spazi di frenata. Da segnalare che,la locomotiva isolata in marcia di manovra, possiede una limitata forza frenante.